У нас лоджия обшита вагонкой, и стены, и потолок. Насколько это может помешать вам при монтаже нового остекления?

Вагонка на стенах, не примыкающих к остеклению, не точно помешает. А вот с потолка придется ее демонтировать, иначе мы не сможем сделать козырек. Если сейчас на балконе установлено старое деревянное остекление, которые вы собираетесь демонтировать своими силами, то вам надо будет снять не только рамы, но и обшивку с перил. Вагонка, набитая на парапет нам тоже не помешает, если только вы не запланировали остекление лоджии под ключ, включая ее новую отделку.