Можно вместе с остеклением заказать шкафчики под подоконником?

Можно. Тогда сразу надо сделать подоконник пошире, чтобы под него можно было смонтировать полноценные шкафчики, которые не будут выступать за периметр. Основные деньги платятся за фасады этих шкафчиков, поэтому их глубина не окажет существенного влияния на удорожание всей конструкции в целом. Для вашего случая лучше всего подойдут шкафчики с раздвижными дверцами. Они сэкономят пространство балкона и будут удобными для использования.